Comuna se află în sudul județului, pe dealurile dintre râurile Români și Cracău. Este străbătută de șoseaua județeană DJ157, care o leagă spre vest de Dochia, Dumbrava Roșie și Piatra Neamț (unde se termină în DN15) și spre est de Făurei, Trifești și Horia (unde se termină în DN15D).
Comuna Margineni, cu satele ei componente, are o importanta economica si istorica deosebita prin asezarea sa, prin descoperirile arheologice facute, cat si prin evenimentele care s-au petrecut de-a lungul anilor pe aceste tinuturi.
Teritoriul comunei Margineni face parte din bazinul hidrografic al raului Bistrita, format din numerosi afluenti ai acestuia cu trasee neregularizate si neprotejate ecologic.
Relieful se diferentiaza net pentru cele doua unitati: spre vest, un relief de culmi largi, vai putin adanci si partea de est a comunei cu un relief accidentat, unde degradarea terenurilor este mai accentuata in Masivul Marginenilor, altitudinile osciland intre 491m in dealul mentionat si 290m in partea sud-vestica.
Comuna Margineni are o suprafata totala de 5.983 ha, din care 504 ha intravilan si 5.479 ha extravilan si o populatie de 3635 locuitori.